Zymo Research Merilis "Open-Source Bioinformatics Pipeline" untuk Mendeteksi Varian SARS-CoV-2 dalam Air Buangan Rumah Tangga

Peluncuran "VirSieve^™ Bioinformatics Pipeline" pada Tahap Awal akan Mempromosikan Kolaborasi dalam Riset Lingkungan Hidup tentang SARS-CoV-2

IRVINE, Calif., 12 Mei 2021 /PRNewswire/ -- Zymo Research telah merilis source code "VirSieve™ Bioinformatics Pipeline" bagi komunitas mikrobiologi lingkungan. Hal ini bertujuan untuk mempromosikan kolaborasi dan dukungan berskala global dalam mendeteksi varian SARS-CoV-2 pada air buangan rumah tangga (wastewater). VirSieve^™ adalah automated computational pipeline yang menganalisis hasil pengurutan DNA SARS-CoV-2 dalam sampel air buangan rumah tangga. Tujuannya ialah mempelajari varian virus yang terdapat di tengah komunitas yang dipantau. Berkat kemampuannya dalam memberi label tentang interval tingkat kepercayaan atas mutasi virus yang diamati, perangkat lunak ini berpotensi untuk meningkatkan akurasi analisis terhadap perubahan apa pun dalam materi genetik virus tersebut.

Zymo Research releases the VirSieve™ Open-Source Bioinformatics Pipeline source code to the environmental microbiology community to promote global collaboration and support for the detection of SARS-CoV-2 variants in wastewater.

Menurut Centers for Disease Control and Prevention, vaksinasi telah berdampak sangat besar dalam penanganan pandemi SARS-CoV-2 di Amerika Serikat. Namun, galur virus baru masih bermunculan. Beberapa galur virus ini, misalnya B.1.1.7, digolongkan sebagai "variants of concern" akibat pesatnya penyebaran, patogenesis, atau kekebalan varian tersebut terhadap mekanisme vaksin (vaccine evasion). Dengan demikian, "Wastewater Next-Gen Sequencing" menjadi solusi paling tepat untuk memantau sebuah komunitas dalam waktu yang hampir seketika (near real-time).

Pengurutan DNA virus dari air buangan rumah tangga sulit dilakukan akibat fragmentasi dan degradasi RNA virus. Bahkan, kekeliruan kerap terjadi dalam pengurutan DNA sehingga menghasilkan mutasi palsu. Untuk itu, VirSieve^™ mampu mengidentifikasi varian palsu ini, dan melabelinya dengan tingkat kepercayaan rendah atau sama sekali tidak dipercaya. Zymo Research juga menyediakan DNA/RNA Shield^™, sebuah reagen yang melindungi RNA virus dari kerusakan setelah proses inaktivasi virus. Hasilnya, sampel air buangan bisa dikumpulkan dan dikirim secara aman dalam suhu ruangan.

"Zymo Research sempat mengembangkan perangkat lunak publik seperti 'Zymo Research Transmit Program', sebuah open-source client untuk mengirim hasil tes Covid-19 lewat sistem pelaporan kesehatan publik CalREDIE," kata Dr. Michael Weinstein, Director, Laboratory Information Systems, dan Project Lead, program VirSieve^™ Pipeline di Zymo Research. "VirSieve^™ adalah bagian dari upaya berkelanjutan Zymo Research untuk memberikan dukungan luas dalam respons pandemi di seluruh dunia. Kami menilai VirSieve^™ tak hanya bisa digunakan untuk melacak galur varian SARS-CoV-2 dalam air buangan rumah tangga, namun juga virus-virus lain, untuk penanganan kesehatan publik pada masa depan."

"Kita harus memperoleh varian yang tepat dari sampel klinik atau air buangan. Langkah ini menjadi kunci untuk menempatkan sebuah galur virus di antara seluruh varian virus baru lainnya, serta menjadi sumber acuan dalam pelacakan patogen," jelas Dr. Christopher Mason, Juru Bicara Zymo Research, dan menjabat Co-Director, WorldQuant Institute for Quantitative Prediction, serta Profesor Fisiologi dan Biofisika di Weill Cornell Medicine.

Untuk informasi lebih lanjut tentang VirSieve^™ Pipeline, silakan mengunjungi laman Zymo Research atau menghubungi Zymo Research lewat surel dengan alamat tech@zymoresearch.com.

Tentang Zymo Research Corp.
Zymo Research ialah perusahaan dengan kepemilikan tertutup yang telah melayani komunitas sains dan diagnostik dengan perangkat biologi molekuler termutakhir sejak 1994. Moto mereka adalah "The Beauty of Science is to Make Things Simple". Moto ini tecermin dalam seluruh produknya, dari epigenetik hingga teknologi pemurnian DNA/RNA. Memiliki rekam jejak sebagai pemimpin bidang epigenetik, Zymo Research membuat sejumlah terobosan melalui berbagai solusi baru untuk pengumpulan sampel, pengukuran mikrobioma, perangkat diagnostik, dan teknologi NGS yang bermutu tinggi serta mudah digunakan. Silakan mengikuti akun-akun Zymo Research di Facebook, LinkedIn, Twitter, dan Instagram. 

Untuk informasi lebih lanjut tentang berbagai produk Covid-19 dari Zymo Research, silakan mengunjungi beberapa tautan berikut:

• Zymo Research Rilis Perangkat Lunak Gratis guna Memperingkas Pelaporan Tes Covid-19
• Zymo Research Raih Sertifikasi CE IVD untuk Quick SARS-CoV-2 Multiplex Kit
• Zymo Research Raih Izin Penggunaan Darurat dari FDA untuk Quick SARS-CoV-2 rRT-PCR Kit
• Zymo Research Raih Sertifikasi CE IVD untuk Quick-DNA/RNA™ Viral MagBead Kit
• Zymo Research Luncurkan "COVID-19 Sequencing Service" guna Mendeteksi dan Memantau Varian SARS-CoV-2 Baru
• Zymo Research Tawarkan Layanan Deteksi dan Pelacakan Varian SARS-CoV-2 untuk Seluruh Komunitas Lewat "Environ™ COVID-19 Wastewater Testing Service"
• Zymo Research Meraih Izin 510(k) atas Alat Pengumpulan/Pengiriman Sampel untuk Covid-19

Foto - https://mma.prnasia.com/media2/1507133/wastewater_pr_data_on_computer_2000x1111px.jpg?p=medium600

Logo - https://mma.prnasia.com/media2/364743/Zymo_Research_Corp_Logo.jpg?p=medium600